La première version prototype de Free-EOS a été conçue en 2000 à partir de la version e-smith 4.1.2. Une partie du travail a consisté en la traduction en français des interfaces d'installation et d'administration d'e-smith qui n'étaient alors disponibles qu'en langue anglaise.

La version 1.2 est développée à partir de la version SME Server 5.5, et est compatible avec elle.

Le respect d'une compatibilité avec la version GNU GPL de SME Server est et restera un objectif du projet Free-EOS. Cela pour plusieurs raisons :
- permettre à un utilisateur Free-EOS de migrer vers SME Server s'il le souhaite (en perdant les spécificités de Free-EOS),
- permettre à un utilisateur de SME Server de migrer vers Free-EOS s'il le souhaite,
- bénéficier de la solidité et de la fiabilité de l'infrastructure de la solution SME Server,
- offrir aux utilisateurs de Free-EOS les possibilités de "customisation" offertes par le systèmes des templates d'e-smith,
- permettre aux utilisateurs de Free-EOS d'intégrer les nombreux add-ons disponibles pour e-smith et SME Server. Précisons quand même à ce sujet que cette possibilité est réservée aux utilisateurs ayant un minimum de connaissances techniques. Cela pour au moins deux raisons : la première est que ces contributions nécessitent, à la différence de Free-EOS, de passer des commandes avec le compte d'administration système (compte "root"), la seconde est que la plupart de ces contributions ne nous semblent pas exemptes de bugs ou d'effets de bord. Ces contributions sont autant de moyens d'enrichir Free-EOS, mais en sortant de la philosophie de Free-EOS "vite, simple et bien". Vous voilà prévenus !